Arraystar 超级增强子lncRNA芯片 全球首发!

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       超级增强子lncRNA(SE-lncRNA)是一类由超级增强子区域转录而来的lncRNA。该lncRNA与超级增强子一起,调控特定细胞谱系发育和身份决定过程中的基因表达。SE-lncRNA与多种疾病有关,许多病理性表型都伴随着SE-lncRNA表达水平的显著变化。SE-lncRNA表达水平检测对于研究超级增强子活性、功能机制和疾病相关性都十分必需。Arraystar公司开发了市场上首款SE-lncRNA芯片,可同时对SE-lncRNA以及受其调控的编码基因进行全面、系统的表达检测。Arraystar SE-lncRNA芯片目前包含人和小鼠两个版本。康成生物独家为您提供Arraystar公司超级增强子lncRNA芯片全程一站式技术服务。


       Arraystar的SE-lncRNA芯片具有强大而可靠的SE-lncRNA收集与鉴定方法,该芯片的lncRNA信息来自Arraystar公司所专有的高质量的转录组与lncRNA数据库,超级增强子区域信息来自dbSUPER数据库,Mapping到超级增强子区域的lncRNA被鉴定为SE-lncRNA。

图1. Arraystar SE-lncRNA芯片内容收集流程图


       该芯片可同时检测SE-lncRNA及其靶基因的表达水平,可直观、精确的找到二者之间的调控关系。针对特定的外显子或剪接区域设计探针,特异性的区分SE-lncRNA的不同isoform(图2)。灵敏度高,可检测到细胞中的单拷贝转录本。

图2.探针#2可特异性的检测isoform CCAT1-L


       Arraystar的SE-lncRNA芯片提供超级增强子、超级增强子lncRNA与其靶基因的详尽注释信息。


图3.SE-lncRNA注释信息示例


       超级增强子一般具有稳定性差、半衰期短的特点。它们能以极低的拷贝数发挥顺式作用,激活靶基因的表达。比如,SE-lncRNA HOTTIP可激活HOXA基因簇,其在细胞中的平均拷贝数少于1。

       为了精确地检测这些瞬时、低水平的SE-lncRNA,Arraystar科学家开发了一套高效的线性扩增方法,能够为多聚腺苷化或非多聚腺苷化的转录本产生足量的荧光标记cRNA。在此过程中,将分别携带有T7聚合酶启动子序列的oligo(dT)和随机引物以最优的比例混合,与RNA一起退火,合成cDNA第一链,随后与5’接头一起退火,合成双链cDNA,然后进行PCR扩增。最后,由T7 RNA聚合酶进行体外转录,合成带有Cy3或Cy5标记的cRNA(图4)。

       该标记方法极大的增加了低丰度或降解RNA分子的cRNA产物,比传统方法提高了100多倍。

图4. Arraystar公司 cRNA标记流程。(1) cDNA第一链合成与5’接头退火。 以携带有T7聚合酶启动子序列的oligo(dT)和随机引物混合物为反转引物,合成cDNA第一链,并与5’接头退火,合成cDNA第二链。(2) PCR扩增。使用RT引物和5’接头对双链cDNA进行低循环数的PCR扩增。(3) 体外转录和标记反义RNA (aRNA)。以Cy3或Cy5标记的核苷酸为底物,双链cDNA为模板,使用T7 RNA聚合酶进行体外转录,合成带有荧光标记的反义RNA。线性扩增保留了原始转录本的相对水平和完整序列,且无3’偏好性。


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